Pada belut jarang sekali ditemukan penyakit serius yang disebabkan oleh kuman / bakteri, artinya resiko terkena penyakit yang serius itu kecil sekali, apabila syarat-syarat untuk budidaya belut telah dilakukan sesuai prosedur.
Faktor yang menyebabkan hasil produksi tidak maksimal pada budidaya belut itu disebabkan oleh kekeringan, kekurangan pakan yang menyebabkan terjadinya kanibalisme (memakan sesamanya), air tak mengalir, dan suhu tinggi.
Jadi agar belut tetap sehat, usahakan dikerjakan sendiri baik dalam pengawasan, pemberian pakan, mengatur sirkulasi air, dan pemberdayaan lingkungan.
Hama belut selain dari pemangsa, juga dapat juga terjadi karena persaingan dalam hal makanan. Hama dan pemangsa yang bisa menyerbu kolam pemeliharaan belut, antara lain : ular cabe (daerah pantura), bebek/itik/kepik air, burung belibis, ayam pelung, berang-berang, human error (kesalahan manusia).
Cara yang terbaik yang cepat dalam pengendalian hama dan pemangsa belut, yaitu dengan membuat kondisi kolam pemeliharaan dekat dengan pemiliknya atau dipagar dan peduli dengan lingkungan setempat. Serta kondisi kolam harus selalu dikontrol agar tetap terjaga dengan baik.